肛瘘的并发症有肛门失禁，形成瘘管性脓肿，肛瘘复发也有可能会导致全身性的感染。刚形成的肛瘘如果不及时处理，炎症会继续向上蔓延，从而形成高位的肛瘘，导致有多条瘘管、多个内口。

长时间的炎症刺激，没有得到有效的控制，会影响肛门括约肌的功能，有可能会引起肛门失禁，无法自主控制排便。肛瘘做手术后，如果术后没有注意伤口护理，有可能会形成假性愈合，导致外口愈合，最终又形成新的肛周脓肿。炎症也有可能进入到人体的血液，感染到全身，从而引起全身性的中毒反应。

因此，一旦形成肛瘘后，要引起重视。需要规范治疗，避免出现上述的并发症。