坐骨直肠窝脓肿不及时治疗将会形成肛瘘，肛瘘一旦形成，自愈的机会极少，并带来一系列的危害。首先肛瘘感染发炎后，肛门疼痛剧烈，溃破后脓水污染内裤，脓汁刺激局部皮肤，肛门瘙痒剧烈。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，不但给治疗带来困难，可对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症，并且多年未治或误治的老肛瘘有恶变的可能。