如果右肝部分脓肿进入膈下间隙，则合并膈下脓肿，如果脓肿继续进入膈下，则合并脓胸，这种并发症可引起高烧、疼痛、呼吸短促、咳嗽或打嗝，甚至虚弱。

如果右肝脓肿同时穿透胆管和肺组织至支气管，则可能并发支气管胆瘘，这种并发症不仅会导致病人咳嗽，甚至会有脓从支气管咳出，严重时大量脓会被吸入支气管，导致病人窒息死亡。

如果左肝脓肿穿透心包，可能发生心包脓胸，如果脓液进入腹腔，就会发生腹膜炎，如果脓肿同时穿透门静脉和胆管，会引起大量血液通过胆管进入十二指肠，导致上消化道大出血，引起胆管出血并发症。