上厕所肛门疼，可能有以下几种原因：

1.痔疮。痔疮是引起肛门疼痛的常见病因之一，当在排便出现疼痛时应注意有无此病，可以到医院进行检查进一步明确。此外，平时应注意饮食习惯，禁忌辛辣刺激性食物，以免加重病情。

2.肛裂。肛裂在排便时，除了疼痛外还有排便出血的症状。如有此症状时，应尽早去就医。

3.肛周脓肿。肛周脓肿也是常见病之一，一般会有排便疼痛感。如果肛周脓肿不能及时得到治疗，就很可能会发展为肛瘘，应尽早去医院进行手术治疗。