宝宝和益生菌拉肚子的主要原因是家长给宝宝服用益生菌过量或者服用时间过长，导致宝宝肠道内正常的菌群平衡受到破坏，进而导致宝宝出现拉肚子症状。

因为益生菌属于活性微生物，长时间服用会干扰宝宝肠道内自身的微生物平衡，造成内环境平衡紊乱，肠道屏障保护作用受到破坏，导致宝宝出现腹泻症状。

因此建议家长平时要加强宝宝用药安全，在给宝宝服用益生菌时要严格遵照医嘱，要掌握好具体服用量、服药注意事项以及服药后可能会出现的不良反应等，以确保宝宝用药安全。