肩关节结核只要早发现、早治疗，大多患者都预后良好。如果发现较晚、患者体质较弱、病情比较严重，并且伴有其它一些并发症，可能很难治愈。

在肩关节结核疾病早期，主要是使用抗结核药物进行治疗，比如利福平、异烟肼等，需要足量足疗程用药，才能够将感染控制住。在用药期间需合理膳食，加强营养，多注意休息，适当进行身体锻炼，增强机体的免疫力，肩关节结核疾病会逐渐痊愈。

如果关节结核疾病比较严重，局部出现了破溃、流脓或者窦道，应当考虑进行手术治疗。