复杂性肛瘘的治疗方法也是手术治疗，只有通过手术治疗才能完全治愈。复杂性肛瘘由于瘘管走形复杂，或者有多个内口以及瘘管的存在，所以手术难度相对偏大，术后的复发率也比较高，大约在20%左右。

手术前需要做一些详细的检查，比如磁共振检查，明确瘘管的走形数量以及内口的位置和数量，手术时需要仔细探查瘘管明确主瘘管，并将其完全切开，其支瘘管可以开放引流、旷置，关键的是需要将内口准确找到并且切开，防止遗漏而导致术后复发。

在临床上有极少部分的复杂性高位肛瘘患者，经多次手术以后仍然无法治愈。如果继续手术会对患者肛门功能造成很大的影响，也可以带瘘生存。