肝内胆管结石的治疗需要根据病情程度而定，通常来说，部分肝内胆管结石的患者可无症状，或仅有肝区的闷胀不适，此类患者如无明显的并发症，可选择定期观察和随诊，而无需治疗。

病情较轻的患者，可适当的采取解痉止痛、消炎利胆、抑酸护胃等药物，急性发作期时需要禁食，给予静脉营养，临床上需要注意纠正电解质的紊乱，选择广谱类的抗生素。

而病情较重的患者，如并发梗阻导致炎症，肝功能受到损害，出现黄疸等患者，需要进行手术治疗。手术可选择单纯的切开取石和内镜下取石，如肝内胆管结石较多，可采取相应的肝叶部分切除术。