肝内胆管结石的治疗需要明确结石的数量、大小、位置，以及肝脏的损伤程度而定。通常情况下，如果肝内胆管结石不引起相应的并发症，那么理论上不需要治疗，仅需要定期的复查。

对于症状较轻或结石较小的患者，可以采取药物，如雄去氧胆酸和鸡内金等进行溶石或排石治疗。

目前临床上对于肝内胆管结石常用的手术方式为胆管切开取石，如果结石的数量较多或直径较大，胆管切开取石困难，就需要连同附近的肝脏一并切除，如果发现肝脏损害严重，就需要进行肝移植。