妊娠期甲亢患者首选抗甲状腺药物治疗，而在抗甲状腺药物中，首选丙基硫氧嘧啶而非甲巯咪唑，因甲巯咪唑可导致胎儿畸形。

药物相对于其他治疗方法而言，对于孕妇更为安全、有效，作用机制是抑制甲状腺激素的合成，但在药物控制无效的情况下，手术为妊娠期甲亢的唯一治疗方法，手术适宜在妊娠中期进行，一般是妊娠4-6个月时进行，过早或过晚均易引起流产，但是妊娠期手术风险比较大，可能出现各种危险情况。

除非抗甲状腺药物控制无效、药物过敏或甲亢过重，需要大剂量抗甲亢药物治疗时才考虑手术。