一旦确诊为妊娠期甲亢，需立即给予处理，妊娠期甲亢禁止使用放射性碘治疗，妊娠期甲亢不主张甲状腺手术治疗，妊娠期甲亢首选抗甲状腺药物治疗。

在常用治疗甲亢的药物中，碘化物可以通过胎盘引起胎儿甲状腺肿大，并发生甲减，妊娠期最好不要使用，仅可在甲状腺手术前准备或者抢救甲状腺危象时期使用，妊娠期主要给予抗甲亢的药物治疗。

抗甲亢药物是应该用最小的有效剂量，在尽可能短的时间内使甲状腺功能恢复正常，保证母体和胎儿健康，目前国内常用的抗甲亢药物有两种，即甲巯咪唑和丙基硫氧嘧啶，丙基硫氧嘧啶的胎盘通过率低，所以，丙基硫氧嘧啶在妊娠期甲亢为优选。