慢性肠炎的诊断，需要根据患者的疾病病史以及临床表现，相关的实验室检查结果来明确，同时也需要与肠结核、功能性胃肠病等相鉴别。

该疾病首先会出现消化道症状，并且病程多在两个月以上，常表现为间歇性的腹部隐痛、腹胀、腹泻，尤其是进食油腻食物，或者过于劳累后，上述症状可能更为明显，也可能会出现全身不适，表现为面色苍白、四肢乏力。

在急性的炎症感染期，还可能会出现发热、失水、酸中毒以及休克的临床表现。同时也需要做电子肠镜的检查，以及X线钡剂灌肠造影。