对于附睾结核如果患者没有得到有效的控制，会导致患者其他部位产生结核，如睾丸结核、输精管结核、精囊结核和前列腺结核以及引起泌尿生殖系统其他部位结核的播散，都是附睾结核带来的并发症。

同时由于结核导致精子生存的微环境变差，不利于精子生长，同时输精管结核会导致输精管闭塞，因此导致男性精子无法射出，进入女性阴道，从而引起患者不孕不育，这都是附睾结核带来的并发症，如果附睾结核经过药物保守治疗无效，长期慢性感染导致冷脓肿的形成，那么只能进行附睾切除手术。