巧克力囊肿早期表现包括痛经、经期发热、月经异常以及后方包块等。

其中痛经通常为继发性的痛经，呈进行性地加剧，还可能伴有大便异常以及经期下坠感。经期发热为巧克力囊肿的常见表现，可能还同时出现盆腔粘连的情况，并且巧克力囊肿有可能在经期前后或者经期破裂，导致突发性的下腹痛。巧克力囊肿导致的月经异常，包括出血量多、月经期长等，月经异常的出现于并发疾病以及功能障碍密切相关。

除此之外，巧克力囊肿的患者有可能在子宫的侧后方能触及可活动的包块。