有巧克力囊肿的时候，会出现痛经的表现。是在月经期间的时候，会出现进行性的加重。这种情况和雌性激素分泌是有关系的。

有巧克力囊肿会容易导致，激素分泌失调会影响月经，导致月经功能紊乱。会影响到排卵，导致不孕不育的发生。

在这期间还会伴随有输卵管堵塞，或者是卵巢囊肿过于大的时候。会容易影响卵泡进入输卵管影响受精的过程。

在巧克力囊肿大于5厘米的时候，还会容易导致破裂，引起出血，如果出血量过大的时候，还会容易导致有生命的危险的发生。应该发现巧克力囊肿以后，尽快及时的采取手术治疗，避免危险的发生。