下丘脑综合征的病因包括先天性和后天性因素，器质性和功能性等原因。

第一，感染和炎症。

第二，肿瘤。

第三，退行性变，如脑软化、神经胶质增生等。

第四，脑代谢病，急性间隙发作性血卟啉病等。

第五，血管性病变。

第六，物理因素包括颅脑外伤或脑外科手术使垂体柄断裂或损害下丘脑。

第七，药物，长如期服用多潘立酮、氯丙嗪及避孕药等类药物。

第八，肉芽肿性损伤。

第九，功能性障碍。

第十，先天性病变或遗传性比如：1.性发育不全和嗅觉丧失征群。2.肥胖-生殖无能综合征。3.性幼稚-多指畸形综合征。