小肠镜的检查是一种侵入性检查，需要在全身麻醉状态下进行，有一定的风险，风险还是很大。

小肠非常长，大约5m。小肠镜的检查分两个步骤，先经口行小肠镜检查，于空肠或者回肠做好标记，再经肛门行小肠镜检查，最终于与标记处汇合完成完整的小肠镜检查。

检查的风险一般有肠出血、穿孔以及麻醉意外等。和一般的无痛胃镜、肠镜检查的风险一样，不同的是小肠镜操作难度大，操作时间长，相比较可能风险会大一些。尤其是对于肠管粘连的患者，风险会更大一些，但操作轻柔、仔细，可以及时规避风险。

小肠的疾病本身比较少，如果考虑存在小肠病变，可以先做胶囊内镜定位，再行小肠镜检查，可以缩短小肠镜检查的时间，降低小肠镜检查的风险。