直肠镜检查最大的风险就是可能会发生穿孔的情况，或者是造成黏膜组织的损伤。如果有息肉、肿瘤等因素的存在，还可能会导致局部的组织发生溃破，严重的会发生大出血的情况。

直肠镜检查在肛肠科较为常用，往往都是通过带有摄像头的硬镜进行肛门口的位置进入，然后进行直视下的观察。由于直肠镜的检查是属于硬镜，相对硬度比较高，在进镜的过程当中，如果技巧性差或者是过于蛮暴的操作，容易造成直肠的损伤，严重的甚至是发生穿孔的情况。

直肠镜在检查之前，一定要充分地排空肛管直肠内的粪便，避免造成检查的失败。