打喷嚏时出现臭味可能与扁桃体炎有关，由于扁桃体存在隐窝，当中可能包含一些坏死物质，由于厌氧菌不断繁殖最终会形成臭味。

也有可能与鼻咽部病灶有关，比如干燥性鼻炎或鼻窦炎，鼻腔分泌物较多，如果没有及时排出分泌物会结痂，此时会有细菌繁殖现象进而产生臭味。

除此之外，牙龈炎、牙周炎等口腔疾病，也会由于病灶局部产生异味，会通过打喷嚏散发出来。还有一些存在胃部疾病的患者，也可能在打喷嚏时出现臭味。