部分精囊肿瘤可以起源于精囊组织本身，多以良性肿瘤为主，比如乳头状瘤、纤维瘤等，肿瘤是在正常组织的基础上增生导致。

部分肿瘤在增生的过程中可以发生变异，发展成为恶性肿瘤，比如乳头状肿瘤就可以发展为恶性的肿瘤。导致细胞变异的因素有很多，比如炎症刺激、有害射线的照射等。

有些患者精囊部位的肿瘤是由临近器官浸润而来，比如前列腺的肿瘤、膀胱肿瘤或上腹部的肿瘤等，继发性的精囊肿瘤多以恶性肿瘤为主。