食管囊肿可能会影响呼吸系统。食管囊肿是指位于食管的囊性肿物，一般起源于黏膜下层。

比较大的食管囊肿可能会对气管或支气管造成压迫，若不进行积极地治疗患者可能出现呼吸困难。部分患者还会出现恶心、呕吐、吞咽困难、胸骨后疼痛、消瘦等各种临床症状。

所以，当发现食管囊肿后，要在医生的指导下进行积极的内镜下治疗或手术治疗，避免造成严重后果危及患者的身体健康。需要注意的是，如果患者呼吸困难的情况严重，一定要及时处理。