做胃镜有可能会损伤喉黏膜，特别是咽喉部本身就存在炎症时，胃镜对喉黏膜的刺激更加明显。

在进行胃镜检查前医生会对检查器械进行充分的润滑，以尽可能减少胃镜对黏膜的损伤。但如果操作不当，或是在胃镜探入过程中，患者吞咽或呕吐就可能导致胃镜与黏膜发生剧烈摩擦引起损伤。

但是，通过胃镜检查能够发现疾病、评估疾病，给健康带来的好处远大于会造成的伤害，就算出现损伤过几天后即可恢复。并且随着无痛胃镜开展，胃镜损伤喉黏膜的情况也越来越少见。