肠结核腹痛主要是应用抗结核药物，及止痛药物控制，必要时手术。肠结核也是一种结核病，一旦查出此病，就需要选择抗结核的药物来控制，比如异烟肼、利福平，这些药物都是可以抵抗结核杆菌的。

如果合并感染时，需要联合抗菌药物控制，如左氧氟沙星、头孢类抗生素。腹痛严重可以口服阿司匹林、布洛芬缓释片等。

如果结核严重，形成溃疡或肠道出血，应该手术切除或外科处理。另外，中医中药也可以对症治疗，并且保持情绪稳定心情舒畅，加强营养，提高免疫力。