睡眠休息的时候，患者出现右侧肩胛骨部位的酸痛，很可能是以下原因：

1.筋膜炎疼痛。通常这种情况会伴有右侧的上肢麻木和无力，并且疼痛会在夜间睡觉的时候受到压迫的状况下，比较明显，发病的原因大多数是由于患者过度劳累。

2.肩胛骨本身出现了肿瘤的状况。一旦肩胛骨或者肋骨出现肿瘤，需要进行详细的检查，通过判断是否出现了其他部位的转移，来进行下一步的明确治疗。

3.有可能出现胆囊方面的疾病，例如胆囊结石或者胆囊炎。有时患者出现胆囊炎或者胆结石，也会出现反射性引起肩胛骨部位的疼痛症状。所以需要进行全面的检查，确定病因，及时采取治疗措施。