表皮样囊肿起源于异位胚胎残余组织的外胚层组织，是胚胎晚期在继发脑细胞形成时，将表皮带入的结果，不同部位的表皮样囊肿临床症状及体征不相同，这样表皮囊肿出现的并发症也各不相同，常见的并发症情况如下：

1.无菌性脑膜炎和脑室炎，是表皮样囊肿的最常见的术后并发症。

2.脑积水，主要因反复脑膜炎或脑室炎所致。

3.慢性肉芽肿性蛛网膜炎，这是由于囊内容物反复排入蛛网膜下腔，刺激蛛网膜形成慢性肉芽肿。

4.继发性脑功能障碍，囊内容物反复溢到颅内，引起脑神经周围纤维化，压迫到神经而引起神经功能障碍。

此外，表皮样囊肿囊壁为典型的复层鳞状上皮，在一定条件下可发生恶性病变。