做肠镜后肚子疼主要的原因如下：

第一，做肠镜毕竟是一种有创的方式，在肠镜进入人体的肠道后患者会有不适的症状，而且肠镜在进肠道的时候可能会对肠道有一定的创伤，所以在做肠镜以后患者可能会有肚子不适的症状，一般在短时间后会自行缓解。

第二，做肠镜的时候为了使肠镜顺利地进入肠道，减轻对肠道的损伤会向肠道当中注射一些气体，所以做完肠镜后会有胃肠道不适的症状。

第三，在做肠镜的时候，如果发现一些特殊的增生可能需要进行取病理检测，这时会对肠道造成一些创伤也会引起不适。