早上起来腰疼可能是由于腰部疾病引起的，也可能是夜间睡眠姿势不对、受凉等因素导致的，要结合病史以及具体的症状来诊断。

如果患有背部的筋膜炎、腰椎间盘突出、腰肌劳损等疾病，夜间由于活动较少，肌肉有可能会发生痉挛，并且血液循环也会减慢，很可能会导致病情的加重而伴有明显的腰疼。也可能是因为长有肾结石、患有肾虚等疾病引起的腰疼，需要结合腰部的CT检查来诊断。

由疾病引起的腰痛一般在平时也会有不适，如果是夜间受凉引起的偶尔疼痛，通常注意保暖后即可恢复，仍然需要对因治疗，才是根本。