导致子宫内膜薄的原因非常多，大多数与卵巢功能不好，或手术操作有关系。

当女性的卵巢功能下降，不能有效分泌雌激素时，会引起子宫内膜变薄，比如卵巢早衰、卵巢储备功能下降或者多囊卵巢综合征，都属于这种情况。

如果内分泌正常，引起子宫内膜薄最常见的原因是反复人流手术。在进行吸宫手术时，器械会直接接触子宫内膜，过度操作会引起内膜损伤、菲薄，严重时还会粘连。

少数患者子宫内膜薄，可能也与长期服用避孕药有关系。长期服用避孕药，会导致子宫内膜持续暴露在孕激素下，降调了雌激素受体，内膜对雌激素反应性差，所以也会变薄。