心源性脑血栓跟脑血栓的区别在于两者的发病原因不同。

心源性脑血栓主要的病因是心脏疾病引起，常见心房颤动、先天性心脏病、心脏粘液瘤，是由于患者心脏内腹壁血栓形成，脱落时可能会引起脑血管堵塞，临床上称为心源性的脑血栓。另外也可见于严重冠心病和心律失常，主要是由于心脏的泵血量减少从而可能会导致脑部供血不足引起脑缺血、缺氧，严重时引起局限性脑组织缺血性坏死和软化也形成脑梗死。

脑血栓经常上常见的病因主要为高血压、糖尿病、高脂血症、脑动脉粥样硬化和高同型半胱氨酸血症、抽烟、饮酒等。