入睡后咳嗽的原因有很多，常可以因某些气道高反性的疾病引起，例如咳嗽变异性哮喘因晚间迷走神经兴奋性增加，使此类患者多于晚间睡觉时发生咳嗽或有加重的现象。部分感冒后咳嗽患者因感冒病毒侵犯呼吸道，可导致其气道存在高反应性，有时也可以在入睡后有咳嗽的现象。

还可以见于部分睡眠呼吸暂停综合征患者，因晚间睡觉时出现憋醒、低通气等诱发其咳嗽。还可以见于心力衰竭患者，因其入睡后肺淤血程度加重而诱发其咳嗽。

某些胃食管反流性咳嗽以及下呼吸道感染性疾病，也有可能出现入睡后咳嗽的症状。总之，对于入睡后咳嗽的病因，需要完善相关的检查才能更好地鉴别。