磁共振和CT的主要区别有以下几点：

第一，两者的成像原理不同。磁共振是以氢质子在体内的含量不同，利用场强激发下重新排列分布所获得的图像。而CT则是利用X线的发射、吸收原理。

第二，两者的检查时间不一样。磁共振的检查时间相对比较漫长，一个部位最快也要十分钟。而CT检查，快速做完全身检查也只需要五分钟。

第三，两者的适用范围不一样。磁共振检查主要运用于软组织和神经组织，还有骨关节组织最多。而CT检查，则普遍运用于所有组织器官。