男性龟头有疙瘩的常见原因如下：

1.龟头炎。一般真菌感染导致的龟头炎，表现为龟头表面有丘疹。局部还可出现红斑，而且龟头上还可见白色奶酪样斑片。

2.尖锐湿疣。这种疾病属于性传播疾病，主要表现为龟头表面有散在分布的小丘疹，这些丘疹呈菜花状或者鸡冠状。在发病前一般有不洁性生活，需要及时治疗。

3.阴茎珍珠疹。一般表现为龟头的冠状沟处有密集分布的小疙，患者没有不适症状，这种情况不需要特殊处理。