阑尾手术后的后遗症主要有：

一、手术切口感染，因为阑尾是一个细菌炎症，如果伤口保护不好，有可能会出现细菌感染伤口，导致术后伤口化脓发炎。

二、阑尾残端瘘，因为阑尾残端处理不好，阑尾残端的结扎线脱落，导致术后出现阑尾残端瘘粪便，后果很严重，需要二次手术。

三、阑尾术后出血，主要是阑尾动脉结扎不牢，或者是结扎线脱落，导致阑尾术后出血，也需要及时的手术进行止血。

四、出现肠粘连，任何腹腔手术打开腹腔之后，环境发生改变都有可能会导致肠道粘连，以后反复的出现疼痛，严重的需要手术松解粘连。