导致怀孕12周有褐色分泌物的原因有很多：

如果在怀孕12周时，胎盘位置过低，甚至覆盖宫颈内口，就有可能会出现少量褐色分泌物的情况。

如果在怀孕12周时胚胎停止发育，出现稽留流产，也会出现褐色分泌物的现象。

如果孕妇出现急性的阴道炎症，比如霉菌性阴道炎症时，也会出现褐色分泌物，并且可能合并有外阴瘙痒红肿不适的现象。

如果有宫颈息肉或者急性宫颈炎症，也会出现褐色分泌物。

如果怀孕12周出现先兆流产时，也会导致褐色分泌物，还可能会伴随下腹阵发性疼痛以及腰酸下坠等不适。