头顶上有一个坑有很多种原因，有些人有可能是先天性的问题所导致的，比如先天性大脑发育不良，颅骨有部分的缺损，这种情况下有可能就会导致头顶上有一个坑的现象，特别是患者有一些颅裂的问题就会出现这种情况。

还有一些有可能是因为外伤手术等原因所导致，头部外伤以后出现了凹陷性的骨折，这种情况下头顶就会有一个坑，手术以后出现了颅骨缺失，这种情况下也会导致头顶上有坑的现象。还有一些患者有可能是长了肿瘤破坏颅骨，这种情况下也会导致这种现象。