头顶上有凹陷，有很多种原因，有时是先天性的因素所致。比如患者头顶部颅骨没有完全长好，有颅骨的缺陷或者有颅裂的现象。

这样头顶部有缺陷需要进行相应的处理才能够改善。有些时候凹陷比较小，也可以临床观察。如果颅裂非常地严重，并且有相应的临床症状，有神经功能缺失的现象，还需要手术治疗。

另外，头顶有凹陷也有可能是后天的因素所致。比如由于外伤或者手术导致了颅骨的缺失，或者颅骨有凹陷性的骨折，这种情况下头顶部也会有局部的凹陷。