先天性脑积水的治疗，主要包括临床观察，药物治疗以及外科手术治疗三种。

一部分患儿的脑积水不是很严重，另外临床症状也不明显，是可以临床观察的。部分轻微的脑积水患者可以服用抑制脑脊液分泌的药物，或者采取脱水降颅压的方法对症处理。

常用的手术治疗方法有几种：

第一种是减少脑脊液分泌的手术，包括脉络丛切除手术和内镜下脉络丛电灼术，目前临床上已经很少了。

第二种是脑脊液分流术，是通过分流管将脑室内多余的脑脊液分流到其它腔室，最常用的是脑室-腹腔分流术。

第三种就是内镜治疗，包括第三脑室造瘘术等。