甲减可以是多种原因引起的，这些原因可分为先天性和后天性两大类。先天性原因包括甲状腺不发育或发育不良，由于先天性缺陷，造成合成甲状腺激素的一些酶的缺乏，使甲状腺激素合成发生障碍。

全身很多组织有甲状腺激素的受体，有这种受体甲状腺激素才能发挥作用，当先天性原因引起组织的甲状腺激素受体缺陷，尽管甲状腺激素的量不少，也会由于受体的缺陷使甲状腺激素不能发挥作用，从而出现甲减的表现。

后天性原因包括长期缺碘，使合成甲状腺激素的原料不足，因而甲状腺激素生成减少。甲状腺手术时，将甲状腺全部切除或切除的甲状腺组织过多，也引起甲减。碘131治疗时，碘131用量过大，使甲状腺组织破坏过多，也出现甲减。各种甲状腺炎，造成甲状腺组织破坏，可引起甲减，有些药物可以抑制甲状腺激素的生成，因而引发甲减，下丘脑垂体病变时因促甲状腺激素不足，使甲状腺生产甲状腺激素功能减低。