甲减的原因要区分为不同甲减的类型，原发性甲减在临床上是最常见的，它是由于自身免疫性疾病，主要是自身免疫性甲状腺炎，包括桥本甲状腺炎、萎缩性甲状腺炎等。

另外还有甲状腺手术和甲亢、放射性碘131治疗后，它们会导致甲状腺腺体本身病变而引起甲减，中枢性甲减包括垂体性甲减和下丘脑性甲减临床上是比较少见的。

它的病因主要是垂体肿瘤和下丘脑肿瘤、手术、放疗以及垂体缺血性坏死，如果是下丘脑病变引起的又称为散发性甲减。