嘴上出现小水疱，首先要确定病因再进行治疗。如由病毒引起，可以口服一些抗病毒药物，更昔洛韦、维生素C、维生素B6等物质。同时要注意在饮食上不要吃辛辣、刺激性食物，特别烫的食物。要注意休息，少熬夜，多吃蔬菜和水果。

有些患者是由过敏所引起，首先要脱离过敏环境，可以口服过敏的药物，局部涂上一些保湿的软膏，大部分也在一周左右就可以慢慢恢复。

有少部分患者是由于熬夜上火所引起，可以吃些败火的中药，如牛黄上清片等，对病情缓解有很大的好处。出现水疱之后，也要避免抓破水疱，确定病因对症治疗，小水疱可以很快消失。