脂肪营养不良与缺乏维生素有一定的关系，多数是与遗传、代谢、内分泌有关。例如先天性脂肪营养不良，常常是与遗传有关，是一种常染色体隐性遗传，通常患者会有病毒感染的的症状。

临床上普遍认为获得性全身和部分脂肪营养不良的，是一种自身免疫性疾病。但该病的发病机制，目前并不是十分清楚，可能与代谢有关系，交感神经过度活跃也会增加脂肪的分解。

也有人认为与垂体有关，垂体可能会分泌分解脂肪的物质，但是切除垂体以后，也不能纠正脂肪营养不良。所以对于脂肪营养不良，只能够采取对症性的治疗。