大骨关节病的病因目前还并不是十分明确，但是一般考虑和以下几个因素有关：

第一个，就是粮食污染，主要是见于长期储存存放的谷物受到霉菌污染，人体摄入这种污染的粮食，导致过多的摄入霉菌毒素而产生。

第二个，考虑水源污染，比如饮用水的水源出现了大量的坏死植物的腐殖质，产生的有机物污染，从而导致大骨关节病。

第三个，就是考虑缺硒，主要是见于局部土壤内硒含量少，在种出的粮食当中，硒含量也很少。当人摄入这种粮食，尤其是5~15岁的儿童青少年正处于生长发育的高峰，摄入这种缺硒粮食以后，会影响到软骨的生长发育，从而造成大骨关节病。大骨关节病常常会有地域聚集性，所以常被认为是一种地方病。