引起核黄疸的原因与黄疸的程度不完全成正比，因为核黄疸是由于间接胆红素对脑细胞的损伤引起来的。

核黄疸的发生与血液中间接胆红素浓度增高、血脑屏障的功能受到破坏有关系。最常见的缺氧、早产、炎症感染等原因影响到了血脑屏障的功能，导致游离胆红素透过细胞膜进入中枢神经系统，进而引起一系列的病变，导致细胞功能代谢紊乱甚至坏死，引起中枢神经系统的不可逆损伤，出现听力障碍、智力障碍等并发症。

如果因为产后吃奶延迟导致的早发型母乳性黄疸，虽然黄疸持续时间长但是黄疸程度轻，而且血脑屏障功能也是正常的，一般不会导致核黄疸。