百日咳并发症有神经系统、消化系统以及呼吸系统的并发症：

1.神经系统。患有百日咳杆菌的患者会产生大量毒素，从而引起中毒性脑病或者是神经系统并发症的出现，比如常见的有癫痫或者是智力减退。

2.消化系统。百日咳这种疾病没有治好或是得到有效的控制，是会引起消化系统的并发症，比如患者出现厌食、呕吐。较为严重时，还可能引起腹压增高、肛脱或者是疝气等。

3.呼吸系统。最为常见的并发症就是呼吸系统疾病，比如支气管炎、支气管肺炎、气管炎。由于继发感染还可能引起肺炎或是心力衰竭等问题。