做了肛瘘手术以后，还是会有复发可能性。特别是手术当中，如果原发的感染内口处理得不理想，或者是手术以后换药不及时、不规范，都可能会增加术后复发的风险。另外，一些高位的肛瘘、复杂性的肛瘘，相对复发的几率会更高。

肛瘘在诊断明确以后，主要的治疗方法是以手术的治疗为主。目前在临床上一般也都是通过处理原发的感染内口，切除肛瘘的管道部分，以及外口进行治疗。

如果在手术之后有复发，患者还是需要再次通过手术进行治疗。肛瘘当中的复杂性的肛瘘，以及高位的肛瘘，通常会采用挂线的手术方式，主要的目的就是保护肛门括约肌的功能，而且保持手术创口引流通畅，可以有效地降低术后复发的几率。