肛瘘动手术之后也还是会有一定复发的几率，而且肛瘘在手术之后，相对复发的几率要高过痔疮、肛裂等肛门处的其他良性疾病。

肛瘘属于感染性质的疾病，诊断明确以后，治愈的方法主要还是以手术为主，目前在临床上也多是采用一次性的根治手术，主要的目的就是降低术后复发的几率。但是，肛瘘在手术之后，如果换药不及时，可能会使创面发生桥型的愈合，出现引流不通畅的情况，会增加术后复发的风险。

另外，一些复杂的肛瘘、高位的肛瘘由于原发的感染内口不清晰，如果处理得不彻底，也会增加术后复发的几率。再者，肛窦如果存在炎性的反应，还可能再次形成肛瘘的状态。