小耳畸形考虑和胎儿的父亲的精子是有一定的关系。

因为小耳畸形的先天性发育畸形的原因，主要就是先天性的染色体异常。而先天性的染色体异常，则属于一种家族遗传性疾病。此类家族遗传性疾病有可能会来自于胎儿的母亲，也有可能会来自于胎儿的父亲。因此，与胎儿父母的卵子和精子均具有一定的关联。

如果胎儿的父亲曾经在出生时也有明确的小耳畸形的情况出现，且身体内的染色体存在一定的类似异常，通常就可以确定是由于父亲染色体异常所导致的发育畸形。