小耳畸形与先天的染色体异常有一定的关联。因为小耳畸形属于一种先天性的耳廓发育畸形的疾病，因此造成此类疾病的原因，有可能是先天的家族染色体的异常。此类情况的患儿父母，通常也患有小耳畸形等耳部异常的疾病。

但是，小耳畸形除了与先天的染色体异常有关，还有可能与孕妇在怀孕期间不当服用药物，或者是出现了内分泌的严重紊乱，以及怀孕期间受到了风疹病毒，或者梅毒病毒等的感染的因素有关系。

因此想要避免小耳畸形的情况出现，孕期孕妇就应当做好筛查和护理工作。