输精管刺痛可能的原因比较多：

1.输精管本身的病变。比如输精管感染或者精囊炎等疾病，都可以造成局部刺痛感，还可伴有射精疼痛，一般不会伴有排尿疼痛。排出的精液可能伴有脓液，而颜色发黄或者伴有腥臭的气味。需要进一步进行精液化验确诊。

2.前列腺炎。前列腺炎症可以导致会阴区胀痛不适、阴囊胀痛不适、输精管区域不舒服等症状。需要进一步检查前列腺，一般都会伴有排尿不适的症状，比如尿频、尿急、排尿疼痛等症状。

3.也有可能是由于输精管的结核。常常继发于肺结核，属于终末结核。常先感染附睾，进一步导致输精管串珠样改变，用手触摸时输精管的质地变硬，并可以摸到表面凹凸不平，伴有疼痛。需要进一步进行结核菌素试验、胸片检查等确诊。