磁共振与B超虽然都同属于影像学检查范畴，但是从这两种检查设备的功能，在诊断方面磁共振要远远地优于B超设备。

磁共振不仅有着非常高的分辨率，应用范围也非常广泛，而且还有较强的穿透力，特别是对于内脏软组织的一些检查是B超所不能及的。

另外在恶性肿瘤的诊断上，例如肝癌、肺癌、胰腺癌等，加强的磁共振还能够做出定性诊断。而B超检查不仅在设备功能上不如磁共振，而且还会受到超声医生个人技术水平的影响。而磁共振的诊断准确率，可以说仅次于病理组织穿刺活检的结果。